八八水災重創南台灣，直到災後第七天才啟動國安機制；外界批評救災、軍方啟動速度太慢，對照李登輝執政時期國安會留下的921地震兵力動員救災資料，數字會說話。

根據「國軍九二一震災救援紀錄」，921地震發生於1999年9月21日凌晨1點47分，凌晨2點，時任陸軍總司令的陳鎮湘已在陸總指揮部和各作戰區成立救災指揮中心，也就是大震發生13分鐘內，李登輝已經指揮各作戰區成立救災指揮中心，部隊更是已經抵達災區展開救援。

隔天(922)一早，李登輝就直接搭軍機前往南投災區；反觀這次國防部八八水災救災紀錄，林邊鄉早上8點半申請八軍團支援，軍方一個鐘頭後抵達，但是軍備不足，第一批膠舟直到12點20分才到。

另外，軍方在921所投入的初期搶救兵力就有13萬6974人；而八八水災到8月13日近一個星期，軍方投入兵力僅5萬5227人。

針對外界質疑此次救災不及921，中央災害應變中心和國防部的解釋是，兩次天災情況不同：921是地震，地震過後隨即可進入災區救災，但八八水災在初期因大水阻絕，直到9日天氣穩定後才能全面投入救災。

對於救災進度緩慢，引爆災民不滿情緒，馬總統雖然已正式啟動國安機制，但仍強調救災指揮和執行由行政體系負責；馬總統不親手接下指揮棒，又表示因為風雨未停止才會救災緩慢，藍營黨政高層私下透露，情況不太妙，憂心引爆的民怨也會如洪水。