黑潮偏離不但讓漁民捕魚得越跑越遠，各地旗魚、鮪魚、鬼頭刀等漁獲也大為減少。

捕旗魚方式有延繩釣與鏢魚兩種。雖然延繩釣一次可抓到較多魚，但往往上岸時魚已死亡多時，不如「鏢」來得新鮮，故市場上鏢到的旗魚價格也較高。但鏢魚須有一名鏢手站在船頭伺機出手，稍一不慎可能就跌進海裡，在「越外海風浪越大、危險性越高」的情況下，鏢魚船多在近海作業。

盛產鯖魚的蘇澳區漁民則發現，近年來近海魚群越來越少，捕魚「越捕越遠」，即使漁獲量與往年相當，但漁船耗油增加、成本大增，漁民實質收益下降不少。蘇澳區漁會總幹事林月英推測，除黑潮較遠，近海漁業資源枯竭也是捕魚得越跑越遠的主因。

恆春區漁會表示，十年前東港共捕到交易一萬一千多隻黑鮪魚，到去年只剩下二千九百多隻；今年再加上氣候變異，只捕到約二千五百隻，是十年來最低數字。