呼叫蛋哥!!!

14 years ago

蛋哥...有無比較簡單的方法可以證明我在細菌表現出來的蛋白可以如在一般in vivo狀況下有正確的folding

14 years ago

BTW我沒有什麼functional assay可以做...因為我的蛋白不是enzyme

14 years ago

這很難說ㄟ

立即下載

14 years ago

你的蛋白總有一些功能吧

14 years ago

或是這蛋白會跟某個蛋白interaction,你用IP看可不可以把你的蛋白一起抓下來

14 years ago

不過這都很間接啦

14 years ago

直接的你就要查查看這蛋白有沒有結構被發表了然後有沒有Circular Dichroism的圖譜

14 years ago

有的話你就去打個CD 然後比較一下

14 years ago

這方法是比較直接的

14 years ago

有不少地方可以打CD

14 years ago

聽起來是revise了

14 years ago

這review還真無聊

14 years ago

reviewer

14 years ago

應該說很賤

14 years ago

雞蛋裡挑骨頭

lauma817 說

14 years ago

喔遠哥居然醒了

14 years ago

onta的噗有個人叫思維兒ㄟ

14 years ago

蛋哥好好幫助衰哥

14 years ago

他是未來的院士我們要好好抱緊他大腿

14 years ago

遠哥你抓穩了嗎衰衰要起飛了

14 years ago

等我等我我帶點零食

bfk959 說

14 years ago

起飛囉！oh ya

14 years ago

現在就是interaction有做出來...但還是被問這個問題

14 years ago

CD是啥??

14 years ago

可以將細菌表現的純化...然後表現在細胞內的IP下來都去打CD做比較嗎

14 years ago

這樣容易做嗎

14 years ago

喔我查到CD是啥了?

14 years ago

不過這樣做可以嗎?

14 years ago

另外...蛋哥教一下怎麼查一個蛋白的CD，是直接查論文有沒有結構被發表嗎

14 years ago

我是乘客機長決定

14 years ago

要看你可不可以用IP抓到夠多的細胞內蛋白

14 years ago

至少要mg以上的純的蛋白因為要repeat然後求平均的圖譜

14 years ago

好多

14 years ago

所以應該不太可能

14 years ago

他問這個其實真的是雞蛋裡挑骨頭啦

14 years ago

就算你從細胞內純化native form的,一樣可以問你純化過程是不是把蛋白結構改變了,或是活性有沒有被破壞

14 years ago

所以沒什麼意思

14 years ago

不然就還是要看這蛋白有沒有被人解過結構

14 years ago

有的話你拿recombinant的去打CD還是可以比較看看至少可以拿來回應一下reviewer

14 years ago

那要去哪裡查...是查paper嗎

14 years ago

如果是paper的話就冏了...因為我想肯定是沒有

14 years ago

不過由於它主要結構是WD40 domain，網路上應該是有WD40 domain的CD，可是畢竟不是整體，這樣可以嗎

14 years ago

好機車的reviewer

14 years ago

CD只能知道secondary structure的組成ㄟ

14 years ago

我不知道有沒有辦法看domain

14 years ago

沒有人解過結構那你可以能要從functional assay那方向去考慮了

14 years ago

蛋哥報告完了

14 years ago

剛去台大回來

14 years ago

早上就爆完了阿

14 years ago

順利吧

14 years ago

還好阿就打打嘴砲

14 years ago

太秋了

14 years ago

就把他們虎的一愣一愣的3

14 years ago

我們報的每篇paper 作者都是老師認識的人

14 years ago

你可以要求一下阿介紹認識

14 years ago

很棒

14 years ago

所以每篇他都看過了只是要藉此逼我們看Paper吧

14 years ago

今天股票跌耶

14 years ago

我主要那檔突破新高

14 years ago

聽起來又賺了數十萬

14 years ago

幾百塊阿

14 years ago

蛋哥好帥...

14 years ago

我覺得很詭異...in vitro binding做完了...in vivo也做了...不知道還會考慮folding有沒有完整是為什麼

14 years ago

這個reviewer洋洋灑灑寫了16點的concern

14 years ago

大概有超過十點都讓我很無言

14 years ago

你沒有留洞讓他跳喔

14 years ago

老李說投paper都要留些洞讓reviewer跳

14 years ago

對阿 folding這題真的很難解

14 years ago

因為他們一定要挑些毛病

14 years ago

你做的太完整他們就開始雞蛋裡挑骨頭

14 years ago

我很不完整耶

14 years ago

大概是老闆給博班或博後看他們要求表現就挑一堆毛病

14 years ago

還有一個我也很無解

14 years ago

我做domain binding的mapping，把我的蛋白切成兩半，N端會binding，C端不會

14 years ago

然後做functional assay，N端或C端都沒有function，所以我們propose N端for binding但是functional domain在C端

14 years ago

接著就在C端找到一個functional domain的確是for它的function

14 years ago

但這個reviewer說，因為我把這個蛋白切成兩半所以它無法正確的folding

14 years ago

所以兩個fragment都沒有function

14 years ago

但是我的確是做出來N端還是有binding activity，這我真的不知道該怎麼說

14 years ago

如果我兩端都不會binding那我覺得它的concern是對的

14 years ago

這兩個folding的問題真的是打死我

14 years ago

C-ter for function是拿truncated的C端去證明的喔

14 years ago

N端還是有binding是啥意思不是本來就只有truncated的N端有binding了嗎?

14 years ago

C端for function是後來在C端找到一個domain

14 years ago

把那個domain delete掉的結果是依然可以binding但是沒有function

14 years ago

然後我做出來的binding是在N端，所以我們才說N端可以binding但是沒有functional domain所以沒有function，而C端有functional domain但是沒辦法binding所以沒有function

14 years ago

結果reviewer說因為我把它拆成兩半所以無法好好的folding所以沒有function

14 years ago

可是問題是我把N端拿去做binding還是有，如果N端不能folding應該會喪失binding activity不是??

14 years ago

所以這樣打我我真的不知道該怎麼說

14 years ago

好奇怪的人

14 years ago

不是一堆人都是這麼做嗎做truncated去看function

14 years ago

你這樣做很合理阿

lauma817 說

14 years ago

那你就隨便解釋一下阿說根據seq那段不會被包在裡面阿

14 years ago

我最近看的幾篇做interaction的paper,有些圖和寫法更不嚴謹,也是丟到Nature structure和G&D之類的

14 years ago

有些線上軟體可以predict結構你可以試試看有沒有辦法用來解釋問題

14 years ago

不然你就不能寫的太篤定,說N端for binding,C端for function

14 years ago

說不定他只是要你改語氣 XD

lauma817 說

14 years ago

對阿簡單分析一下序列做點預測打發他就好

14 years ago

加油

14 years ago

對阿衰哥加油快成功了!