最終文「恕我方無法完全開示除了有害物質以外的其他物質。感謝您的理解。」で恕を使ってしまいますと、許しを乞うているようなニュアンスになるかと感じました。
本説明書は調査表の項目全てに回答できないことを説明するものであり、先方に理解をしてもらう必要はありますが許可を得るものではないので、そこまで謙る必要もないかと思います。
あいさつ言葉だとは思うのですが、この部分の中文のニュアンスについて、再度ご確認お願いいたします。
所以是要我說:「親愛的客人，我不管你怎麼想。你就閉嘴給我吞下這份文件，也不要再來煩我。」嗎