本署主要任務為訂定健康促進政策及法規；建構健康友善的支持環境；規劃及推動生育健康、婦幼健康、兒童及青少年健康 、中老年健康、菸品及檳榔等健康危害防制、癌症、心血管疾病及其他主要非傳染疾病防治、國民健康監測與研究發展及特殊健康議題等健康促進業務。
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